开始接触ubuntu和生物信息分析，作为初学者，没有人带路，属于摸石头过河。
在用bwa mem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了，就尝试解决一下。
尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题，我用 apt-get install bwa安装bwa，可以使用nohup bwa mem进行比对，也可以被samtools识别。
因为ubuntu自带的bwa版本低一点，所以就重新下载，自己安装了一个，再次运行 nohup bwa mem的时候，sam文件中，第一行为：
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
这样的sam文件是不能够被识别的，导致了不能进行下去了。
但是如果去掉nohup即可。
我后来采用的是建立sh文件，然后nohup 运行.sh文件，运行没问题。
总结如下，bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题！